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こんにちは。
当方の経験で回答しますので、公式回答とは異なる場合があることをご容赦下さい。
・バックアップ機能
QNAPのHybridBackupSyncを使用して外付けHDDへバックアップを取る場合のコピーエラー発生時の挙動は、該当フォルダや該当ファイルをスキップして最後まで進めます。スキップされたフォルダやファイルはログとして残りますので後から確認することが出来ます。
・スナップショット機能
私の記憶では、外付けHDDへスナップショットを保存することができなかったと思います。スナップショット領域をストレージプール内に確保して保管し、他のQNAPで保管することは出来ますが、外付けHDDは対象外だった気がします。
もしかしたら最新のQTSで出来るようになっているかもしれませんので、間違っていたら申し訳ございません。
スナップショットの取得もファイルの状況関係なく取れると思います。ですが、念のため取得間隔を狭めて確実性の確保をおすすめします。
スナップショットはWindowsのUIからも復元できるため非常に便利です。少しボリュームを減らしてでも同一ストレージプールに確保されたほうが良いように感じます。