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yamachan様
はじめまして。
もしかしてHybridBackupSyncのジョブ設定がバックアップジョブになっておりませんか？
参考までにUSB接続の外付けHDDへ毎晩同期をとっている弊社の設定例を記載します。
1.HybridBackupSyncを立ち上げます。
2.左のツリーから概要を選択し、ジョブの作成から同期を選択します。
3.一方向同期のローカルNASと同期を選択します。
4.ソースフォルダのプルダウンからハックアップしたいディレクトリを選択します。（弊社ではPublic）
5.宛先フォルダでUSBDisk1を選択します。（QNAPはUSB接続の外付けHDDをUSBDisk※という名前の共有フォルダとして認識している）
6.ソースフォルダと宛先フォルダの選択が完了したら追加ボタンを押して確定します。
7.左下にある歯車マークの詳細設定をクリックします。
8.スケジュールを設定します。（弊社では周期的にを選択し、毎日23時から同期をとるようにしています）
9.ポリシーを設定します。（弊社では余分なファイルの削除にチェックを入れています）
10.SMTP設定がお済みならイベントで通知機能を設定します。
11.最後に右下の適用を選択し、ジョブを登録します。
上記の設定で、毎日のバックアップを約10分程度で取得しています。
同期ジョブは2回め以降ソースフォルダの変更箇所のみを宛先フォルダに反映するので、更新データのみのバックアップが可能ということです。
あくまでも弊社での設定例ですのでこれが大正解というわけではありませんが、ご参考までに。