tactac
続報です
本家サポートともやり取りしましたが、解決に至らずでした。
自分でも色々とやってみた結果、カタカナ且つ濁点・半濁点を使用したフォルダ名に原因があることがわかりました。
元々の現象として、MACからは見えない・Filestationからは見える状態だったので、Filestation上でフォルダ名を英数字にリネーム
したところ見えなかったファイルが全て見えるようになりました。
原因は不明ですが、ひとまずの解決策がみつかりほっとしています。
皆様ありがとうございました。