NASを購入しますが機材について教えてください

お役に立つかわかりませんが。

TS-431X2でHDD4本でRAID6のメイン機３台と１台の予備機という構成ですね。
HDDでのRAID6ということで、ボリューム性能はさほど高くないのと
ネットワーク性能がボトルネックになりますので、そこがポイントかと思います。

（１）HUB

10GBASEであれば、QSW-804-4cなどの全ポートがワイヤスピードで動作可能な10G対応のスイッチを入れるだけで問題ないです。
また、クライアント側も高速化したいなら経路やPC側もすべて10G対応にしないと性能発揮できずもったいないです。
ただ、NAS間のバックアップ速度の向上という点だけでも10Gにする意味はあります。

1000BASEでは、1本では120MB/sec程度で上限が来ますので、性能を求めるならポートトランキングで2本束ねる形になります。
その場合、HUB側もポートトランキングに対応したスイッチを選定してください。

あとは、データサイズにあわせてフレームサイズを調整してください。

（２）バックアップ

どのような要件のバックアップを取りたいかによります。

１世代で良いならHyblid Backup Syncを入れてリモートNASの共有に対する同期JOBを作るだけでよいでしょう。
複数世代作りたいなら、保存先を複数作ってその分だけJOBを作ってください。
初回は大変ですが、１度フル同期が終われば後は差分同期ができます。

バックアップの柔軟性を高めたいなら、別にバックアップサーバを立てる方法もあります。

（３）BCP対策
遠隔地に転送する場合は用意できる回線の帯域とデータ量により手法が決まります。
工夫した同期JOBを作るか、スナップショットレプリカを検討してください。
QNAPは帯域制御のオプションが少ないので、ここだけは別のツールを使うのも手です。
遠隔地への転送に特化した製品もあります。

QNAPでクラウドにバックアップする手もありますが、ここまでデータ量が大きいと
インターネット回線をかなり良いものにしないと難しいかもです。
更新が少なくて蓄積型のデータであれば、少しずつ分けて行えばいけるかもですが。

（４）1台に対して同時に4台バックアップ

1台に対して同時にはお勧めしません。時間を区切って順番に、が良いと思います。
毎回フルバックアップすると1台ではまかなえない気がしますが。

（５）8時間でバックアップを終わらせたい。

12TB×３＝36TBを8時間なので、計算上で4.5TB/時必要となりますが、
これはエントリクラスとしては、かなり高い数字です。
毎回フルバックアップはQNAPの範囲では、10GBASEでも厳しいかもです。

差分で同期するなど、色々とやりようはありますが、この時点で想像がつかないようでしたら、
失礼ながらどこか大手のベンダーに相談された方が良いかと思います。

ちなみにLTO8は非圧縮で理論値1TB/時位は出ますが、
QNAPに直接接続ならUSB3.0となり、その時点で性能が落ちるので
理論値でも800GB/時位しか出ないのではないかと思います。

あとはCPU負荷やメモリ実装量、データの種類でさらに落ちます。

時間は想定されるデータ量で計算してみてください。